使用NCBI命令行blast获取具有不匹配的数据库主题序列

Question

我正在使用Blast命令行。查询（长度9）是ADZTZZETK，但是当针对数据库序列进行爆破时，它会给出长度为8的对齐（ADZTZZET：ADZTZZET）。这意味着查询序列的最后一个，第9个字符K与数据库序列不匹配。但是我仍然希望获得数据库序列的第9个错误匹配字符。有人可以告诉我在命令行爆炸中应该使用哪个选项吗？

Answer 1

不幸的是，我不认为你可以从BLAST获得完整的查询或主题序列。如果您查看command-line documentation中的outfmt选项，则最近的选项为sseq，即Aligned part of subject sequence。如果您可以以FASTA格式下载数据库，则可以单独解析该文件并获取主题序列。