BLAST通过Biopython NCBIWWW。我在哪里可以找到完整的数据库列表？

Question

我正在使用模块Biopython模块NCBIWWW在线爆炸一些序列。我想针对不同的数据库提供我的序列，但是我找不到它们的完整列表。

以下是使用“blastn”算法对Nucleotide收集数据库进行简单查询的示例。

from Bio.Blast import NCBIWWW

result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", some_sequence)

如您所见，数据库Nucleotide集合被指定为“nt”。 如果我想查询Human GRCh37 / hg19数据库，我应该用什么替代“nt”？如果我想查询其他物种/构建？是否有任何综合列表，我可以在http://blast.ncbi.nlm.nih.gov找到所有可用数据库的简称？

谢谢！

Answer 1

通过查看https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Blast/NCBIWWW.py代码中的biopython文档，它似乎在查询此api http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

  

（...）此功能不检查参数的有效性       并按原样将值传递给服务器。有关更多帮助，请访问：       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

正如您所看到的，通过biopython可以查询/解析该api的所有方面，包括“DATABASE”条目。现在问题，实际上是你的问题的问题是你的数据库的短名称是什么，以便被api识别。 api的文档不是很好，所以他们没有任何类型的列表与有效的数据库名称（完全是biopython不可知）。

我在ebi找到了这些列表，虽然没有解决问题似乎有帮助

http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-nucleotide.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-protein.html

另一种方法是看看他们如何在公共ftp中命名他们的dbs ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

希望这会有所帮助。法比奥

Answer 2

您只需转到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome并单击数据库下拉列表，您就会在其中找到数据库名称，例如，nr，nt，est等。

为人类基因组尝试http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=OGP__9606__9558。