我正在尝试自动执行一些BLAST搜索。我只需要从BLAST结果中选择前三个结果，但是参数hitlist_size似乎并没有将我的搜索限制为三个结果。无论我指定的大小如何，大多数样品最终还是会获得> 3次命中（在其他样品中，我会得到3次命中，尽管我不确定这是否仅仅是巧合）。有人对此有见识吗？
import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML
fasta_string = open("FASTA_Files/48_50.fasta").read()
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string,hitlist_size=3)
with open("XML_Files/48_50.xml", "w") as save_to:
save_to.write(result_handle.read())
result_handle.close()
以下FASTA序列产生46的预期命中数，但超过47的预期命中数：
>46
NNNNNNNNNNGNNNNNNTGCAGTCGNANNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTTGCTGCTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGA
GTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAA
AGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGG
CGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTAC
TTTCAGCGGGGAGGAAGGNGTTGTGGTTAATAACCGCAGCAATTGACGTTACCCGCANAANAAGCACCGGCTAACTCCGT
GCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCANGCGTTAATCGNAATTACTGGNCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTCAA
GTCTGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGNAACTGCATTCNAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGNAGANGGGGGGTAGA
ATTCCAGGTGTANCGNTGAAATGCGTANAGATCTGGANGNAATACCGGTGGCNAANGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGAC
GCTCANGTGCGAAAGCGTGGNGGAGCAAANAGGATTAGATACCCTGGTAGNCCNNCGCCNNANACGATGTCTACNTGGNA
GGNTTGTGNCCTTGAGGCGTGNCTNNCCNGNAGCTNAACGCGTTTAAGTANANCNNCCTGGGGCGAGCNACGGGCNGCNN
GGNTNAAAACNNNNNNTGNNNTTNNACGGGNGNNCCCCGCANNANCCGGCTGNNAGCATGNTGGATTNAANTTCGATNNN
NNCGCGAAGAANCCNNANNNNNGNNNNNNNANNNNNNNNNNAANNNTNNNNNANANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNCTNNN
AGNANNGNNNCTGCATGGNNNNCNNNCNNGNTCNNGNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNCCNNNANNNNNNNNNNNNTNAT
CNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNAGNNNNNNNNCNNNNNNNNNNANNTNNNAANN
>47
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNCGGGTNNCCNNNNGCTGGNTGNNNTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGT
AATGTCTGGGAAACTGCCTGAAGGGGGGGGATTCCTACTGGCCAGGGTGGCTAATACCGGGTAACGTCGNNNGANCAAAG
AGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCACATGTGCCCGGATGGGATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCG
ACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCNCACTGGAACTGAGACACGGTCCCGACTCCTACGGGAGGCANCAGT
GGGGAATATTGCTCTTGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGGGTATGAGGAAGGCCTTCGGTTTGTAAAGTACTTT
CTCCGGGGAGGAAGGNGTNGTGGTGAATAACCGCTACANTTGANNCTNCCCGCNNAANAACCACCNGNTAACTCCNTGCN
NNNNGCCGCGGTAATACGGANGGTGCAAGNGTTAATCGNANTTACTGNNTGTTGAGCGCACGNNGGCGGCCTGTCNNNTC
TNATGTGAGATCCCCGGGCTCNCCCTGNNACCTGCATTCGNNNNNTGNNANGCTNGANTCTTGNNNNGNNGNGGNAGNAA
TTCCNNGTGTNNCGNNGAAATGCNNANAGATCTGNANANANNACNGGNGNCCAANGNNGNCCCCTGNTCTCNGACTGACG
CNNGAGTGCTGAANNGTGNAGAGCGNACAGGATTANANNNCCNGNTAGNCCGNCNCCNCACACCNATGTCTACATGNGAG
GNTNNNGNNNNNTGNGGCNNNNCNNTCCNNNAGCTNANGNNGTTNAANTANATCNNNCTNNNNCNNGCNNGGGGNCANNA
NGGGNNNAAANNTNNNNATNAATNTGACGGANNNNNCNNNNNNNNCNNNNNNANCATGNGGATTNANNNTNNNTNNNNNC
NNNNNANAACCNNANNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNANNNTNNNNNNNTNNNNNNGNNNNCNNNNNNNNACTNNNNNNNC
NNNNNNNNCANNGNNNNNNNNNNNANGNTNNNNNTGNNNNAANNNTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTN
NNNNNNTNNNNNNNTNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNTCNNNNNN
答案 0 :(得分：0)
问题似乎是匹配与 alignment 不同。 命中是数据库中的序列匹配，而比对是核苷酸的实际位置。对于数据库中的相同序列，可能会发生多次。
在您尝试的情况下，此保存的xml实际上在<Hit>下有三个项目，但是您最后获得的命中有七个 <Hsp>记录，这些记录似乎就是您要遍历循环的内容：
for rec in blast_records:
for alignment in rec.alignments:
for hsp in alignment.hsps:
print(rec.query) #DNA ID
我认为，指定alignments=3而非匹配将使您每次匹配最多可获得3个对齐方式。如果要控制命中数和比对数，则可以同时指定。