我有一组dcd文件，我想连接到一个（长）dcd文件。我在VMD Tkconsole（VMD版本：1.9.2）中输入了以下代码：
catdcd -o output.dcd -i indexFile.ind input1.dcd input2.dcd input3.dcd
我遇到以下错误：
wrong # args: should be "catdcdList dcdFileNames outFile indexFile stride"
所以我写道：
catdcdList -d input1.dcd input2.dcd input3.dcd -o output.dcd -i indexFile.ind -s 1
即使catdcdList命令被重新识别（以绿色着色），我仍然有完全相同的错误消息。我尝试了对我的请求的更改，但我不断收到上述错误消息。 official catdcd webpage中的第二个示例也不起作用。
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我在ubuntu 15.10笔记本电脑上遇到了与catdcd相同的问题。
为了使它工作，我将catdcd目录添加到我的PATH。
如何做到这一点（注意，我的说明永久地将catdcd添加到PATH）：
1）转到/ home / user目录。使用ls -a命令，你应该看到一个名为.bashrc的文件（不要忘记“。”;这很重要，这意味着该文件是一个隐藏文件）。
2）使用gedit（或类似的文本编辑器）打开.bashrc。如果需要，可以备份.bashrc（例如cp .bashrc ./.bashrc_bkup）。
3）在.bashrc结束时，附加：
此目录是配置VMD 1.9.2时安装的默认目录。请注意，您可能安装了不同版本的catdcd（例如catdcd4.0，它来自VMD网站）。在任何情况下，您都需要找到与您计算机上的catdcd文件对应的目录。
4）再次关闭并打开终端。键入$ PATH命令以确保此目录现在存在。
5）您应该能够在终端中键入“catdcd”（无需打开vmd），现在它应该能够识别该命令。您还应该能够在tkconsole中使用catdcd，但我发现它更容易在终端中使用。