所以我处于这样的情况：来自相同模拟的我的2个链（2个蛋白质）分别在2个DCD文件中，每个文件具有2000个帧。我想将这两个DCD文件合并为包含两个链的单个DCD文件（总共2000帧）。我知道在VMD中这可能是可能的。有人能帮助我吗？
注意：我不是在谈论连接DCD文件（使用catdcd完成）
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执行此操作的难易程度取决于所用力场/拓扑的格式。如果您使用Amber拓扑，则难度会更大，因为Amber的格式非常敏感，因为拓扑中引用的原子与结构中的原子之间存在1-1对应关系。如果使用CHARMM，则可以生成一个包含两个框架的所有原子的psf文件。
关于结构的实际叠加/合并，您需要确切地知道如何使两个分子相对于彼此定向，尤其是在进行任何数值分析时。如果要显示，则只需将两个链作为单独的原子加载到VMD中，然后一次显示两者。
我很好奇为什么首先要编写两个轨迹-您可以访问NAMD的原始dcd输出吗？