Question

我正在尝试从Amber加载.crd文件，但这会失败，因为它不符合MDAnalysis所期望的格式（请参阅最后的错误）：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

如果我能使用MDAnalysis读取Amber .crd文件，我看到了这个thread以及此library我不想使用的内容。

任何想法为什么它不起作用？如果我在VMD中加载轨迹我正在使用此命令（并且它可以工作）：

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

在命令中使用format="TRJ" u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")关键字参数：

Universe

你说过你用VMD和＃34; crdbox＆＃34;和＆＃34; crdbox＆＃34;扩展被MDAnalysis识别为Universe。然而，＆＃34; crd＆＃34;您用于文件的扩展名已用于CHARMM坐标文件（＆＃34; CRD＆＃34;文件），因此您需要明确指定format的轨迹格式。

（如果你给你的轨迹延伸＆＃34; crdbox＆＃34;或＆＃34; trj＆＃34;例如＆＃34; amberOut.crdbox＆＃34;或＆＃34; amberOut.trj＆＃34 ;然后MDAnalysis会自动将其识别为Amber ASCII轨迹。但是，您始终可以使用显式"teamPermissions": [ "Edit", "Administrator", "ReadOnly", etc ]关键字参数覆盖格式检测。）

更新：基于此问题，我们更新了Amber轨迹阅读器的MDAnalysis文档，以包含Amber ASCII trajectory的注释。

如何使用MDAnalysis从Amber加载.prmtop和.crd文件？

1 个答案: