Question

我尝试使用pickle来转储MDAnalysis.universe对象，但是我得到了错误mmessage，如

Traceback (most recent call last):
  File "convert.py", line 9, in <module>
    blob = pickle.dumps(u)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 1374, in dumps
    Pickler(file, protocol).dump(obj)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 224, in dump
    self.save(obj)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 331, in save
    self.save_reduce(obj=obj, *rv)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 419, in save_reduce
    save(state)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 286, in save
    f(self, obj) # Call unbound method with explicit self
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 649, in save_dict
    self._batch_setitems(obj.iteritems())
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 663, in _batch_setitems
    save(v)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 306, in save
    rv = reduce(self.proto)
  File "/usr/lib/python2.7/copy_reg.py", line 84, in _reduce_ex
    dict = getstate()
TypeError: 'AtomGroup' object is not callable

任何建议将不胜感激！

Answer 1

MDAnalysis.Universe个对象包含一些无法通过标准机制序列化和腌制的对象，例如打开文件描述符。我们需要编写专门的__getstate__()和__setstate__()方法，如Pickle protocol所述，但这些方法都不会在当前的0。8。1（2014年4月）版本中实施。

Manel在他的comment on MDAnalysis Issue 173中解释了具体的错误：Pickle搜索__getstate__()方法。虽然没有实现，但是Universe管理它自己的属性来动态生成“虚拟属性”，将其解释为原子选择并最终返回一个空的AtomGroup实例。反过来，这被称为因为pickle认为它是__getstate__的本地实现。但是，AtomGroup不可调用，并且会产生错误。

正如您可能已经注意到，通过询问MDAnalysis user list或提交问题，您获得了更快的响应 - Stackoverflow通常在开发人员列表中较低，以回答此类特定问题。

如何使用pickle从MDAnalysis模块转储Universe对象？

1 个答案: