在VMD中将多个帧加载到psf文件中

Question

如何在vmd中打开psf文件，然后仅使用行命令为此psf文件加载多个帧（dcd文件）？我有数百个dcd文件，我不想手动执行此操作。

Answer 1

您是否尝试过以下操作？ mol new yourfile.psf waitfor all mol addfile yourfile1.dcd waitfor all mol addfile yourfile2.dcd waitfor all ... mol addfile yourfileN.dcd waitfor all

如果您有数百个dcd文件，则可以使用bash shell中的以下内容创建vmd命令列表： for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl

并在vmd中打开你的psf后得到： mol new yourfile.psf waitfor all source your_vmd_script.tcl

但请确保您加载的数据量不超过系统内存，否则它将开始交换到磁盘并且无响应。

Answer 2

我建议先使用catdcd加入dcd文件。 http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/

然后你可以用你的psf文件加载一个巨大的dcd文件。

使用catdcd： catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd