如何在tcl脚本中获得准确的帧数？

Question

我的轨迹包含75帧（* .dcd文件）。但是当我尝试通过tcl命令计算帧数时：

set id [molinfo top get id ]
puts [molinfo $id get numframes]

我得到的数字要低得多，即3。

那么如何才能获得正确的帧数？

PS：我知道我可以将VMD用于此目的，但轨迹文件位于远程计算机上，我需要运行多个计算，如RMSD，这取决于通过代码的帧数（没有图形界面） ）。

Answer 1

这是一个古老的问题，但是我找到了解决方案，希望它能对其他人有所帮助。

问题：默认情况下，VMD不会（阻止）加载所有帧

当不是所有框架都加载时，我遇到了您的VMD问题，似乎只有几个框架。在VMD focumentation中，强调我的观点：

  

mol addfile等待：   ...   返回前要加载多少帧； 默认值为1 ... [其他]帧将在后台加载 ...如果帧为-1或全部，则所有仍在处理中的文件中的所有帧将在之前加载该命令返回...

因此，默认情况下，除非指定了waitfor，否则我们只希望加载一帧。如果有更多的帧（例如加载了3/75），那是因为VMD在后台加载了更多帧。

解决方案：加载时使用waitfor

尤其是在加载时，我建议执行以下操作：

set id [mol new "example.psf"]
mol addfile "example.dcd" waitfor all molid $id;
set n_frames [molinfo $id get numframes]
puts "There are $n_frames frames"

关键部分是以下几行：

mol addfile "example.dcd" waitfor all molid $id;

如上所述，其中使用了“ waitfor”标志。