Question

在VMD中，我想用绘图方法CPK加载每个新文件。出于某些技术原因，这似乎不是.vmdrc文件中的选项。

如何从VMD命令行执行此操作（以便我可以创建脚本）？或者是否有其他解决方案/解决方法/黑客来使这项工作？

Answer 1

有几种方法可以达到你想要的效果：

（1）将以下行放在.vmdrc

的正确位置

    mol default style CPK

（2）使用VMD首选项面板（主窗口的Extensions菜单中的最后一项）生成符合您期望的.vmdrc文件。您要查找的设置位于“表示”选项卡中。

（3）对于更高级的设置（即当vmd读取启动.vmdrc文件时应用于已经加载的分子的默认设置），您可以使用以下内容（适用于VMD 1.9.2）：

proc reset_viz {molid} {
  # operate only on existing molecules
  if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
    # delete all representations
    set numrep [molinfo $molid get numreps]
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
      mol delrep $i $molid
    }
    # add new representations
    mol representation CPK
    # add other representation stuff you want here
    mol addrep $molid
  } 
}

proc reset_viz_proxy {args} {
  foreach {fname molid rw} $args {}
  eval "after idle {reset_viz $molid}"
}

## put a trace on vmd_initialize_structure
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy

after idle {
  if { 1 } {
    foreach molid [molinfo list] {
      reset_viz $molid
    }
  }
}

这段代码改编自Axel Kohlmeyer website。

HTH，

Answer 2

我找到了一个方便的解决方案。在.bashrc添加：

vmda () {
    echo -e "
    mol default style CPK
    user add key Control-w quit
    " > /tmp/vmdstartup
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup
}

使用

查看结构

vmda file.pdb

并使用Ctrl+w关闭窗口（退出应用程序），就像其他窗口一样。

VMD中的默认表示/绘图方法

2 个答案: