biopython test_Tutorial ...失败

Question

我对编程很新。我正在尝试在mac os x 10.5上安装biopython。

这是我到目前为止所做的。
1.安装xcode
2。已安装numpy
3.在终端中运行这些命令为python setup.py build
python setup.py test

测试报告一个失败。

test_Tutorial ... FAIL
ERROR: Run tutorial doctests.

Traceback (most recent call last): File "test_Tutorial.py", line 152, in test_doctests ValueError: 4 Tutorial doctests failed: test_from_line_05671, test_from_line_06030, test_from_line_06190, test_from_line_06479

感谢您提供任何帮助或建议。

Answer 1

该文件test_Tutorial.py在主Biopython教程和Cookbook（http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html / http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf）的源代码中运行标记示例，以检查示例是否按预期工作。在内部，它使用与Python的doctest示例相同的库。

test_Tutorial.py失败的事实可能是一个无害的问题，有几个例子。

您使用的是哪个版本的Biopython？如果这是官方发布，则意外失败。如果它是来自git存储库的快照，则很不幸。如果您感到好奇，可以尝试这样来查看更多信息：

$ cd Tests
$ python test_Tutorial.py

在Biopython邮件列表http://biopython.org/wiki/Mailing_lists

上可能更容易讨论这类问题

Answer 2

我发现设置良好编程环境的最简单方法是使用MacPorts，因为它有一种确保在安装时满足所有依赖关系的好方法。但是，您需要熟悉终端和命令行。

OSX 10.5的

1. Install MacPorts。 Read the documentation也是。{/ p>

2. 重新启动。

3. 打开Terminal.app并输入sudo port selfupdate以确保端口文件定义是最新的。

4. 运行sudo port install py27-biopython以安装最新版本的Python 2（2.7.3），numpy和biopython。这需要一段时间。

5. 运行echo $PATH并确保/opt/local/bin和/ opt / local / sbin`位于开头。他们应该是。

6. 运行which python并确保其返回/opt/local/bin/python。如果没有，请运行sudo port install python_select并按照其说明选择默认的python版本。

7. 希望此时您可以运行python进入互动口译员，import Bio不会出错。

祝你好运！