Biopython:qblast的url打开错误

时间:2015-10-06 17:54:32

标签: biopython

我正在尝试在线课程中的基本Biopython示例。但是,我无法查询NCBIWWW数据库以对齐查询序列。该程序因URL错误而失败。

我的代码如下:

from Bio.Blast import NCBIWWW, NCBIXML

fasta_string = "TGGGCCTCATATTTATCCTATATACCATGTTCGTATGGTGGCGCGATGTTCTACGTGAATCCACGTTCGAAGGACATCATACCAAAGTCGTACAATTAGGACCTCGATATGGTTTTATTCTGTTTATCGTATCGGAGGTTATGTTCTTTTTTGCTCTTTTTCGGGCTTCTTCTCATTCTTCTTTGGCACCTACGGTAGAG"

h = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)

但是,这会返回以下错误:

urllib2.URLError: <urlopen error [Errno 8] nodename nor servname provided, or not known>

在使用之前是否需要配置Biopython?我想我正在使用爆炸功能的正确参数。

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