biopython安装测试失败：错误：test_fetch_xml_schemas（test_Entrez_online.EntrezOnlineCase）

Question

我试图在我的Mac上测试biopython的安装并使用此命令：

implantFamilies += this[index].familyDisplay + "<br />";

除了此错误消息外，一切都很好：

$ sudo python3 setup.py test

此外，在测试期间，这些结果显示test_Entrez.online失败。

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase)
Traceback (most recent call last):
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas
         records = list(Entrez.parse(handle))
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse
         raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream")
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted.

我在Mac上使用OS X El capitan 10.11.6，我安装了python 2.7和3.5.2并在安装biopython及相关软件包时运行python3。

Answer 1

我不在乎这个错误。此测试尝试连接到Entrez服务器并从那里获取内容，然后检查下载的数据是否一切正常。对于与您的安装无关的一千个原因，从NCBI获取XML时可能会失败。

如果您可以使用脚本中的Bio.Entrez.efetch()功能，一切都很好。