Question

我可以使用以下方法直接访问蛋白质1n31中的残基：

residue = structure[0]['A'][100]

但是，当我尝试访问异质残基时，例如：

residue = structure[0]['A'][2003]

我收到错误消息：

File "<stdin>", line 1, in <module>

File "/home/azevedo/.local/lib/python3.5/site-packages/Bio/PDB/Chain.py", line 94, in __getitem__
return Entity.__getitem__(self, id)

File "/home/azevedo/.local/lib/python3.5/site-packages/Bio/PDB/Entity.py", line 41, in __getitem__
return self.child_dict[id]

KeyError：（''，2003，''）

为什么会这样？如何直接访问杂残基？

Answer 1

简短答案

structure[0]['A'][('H_CYS', 2003, ' ')]

将为您提供所需的残基

<Residue CYS het=H_CYS resseq=2003 icode= >

BioPython的PDB索引

BioPython的PDB残差索引在内部使用tuple。它由杂种标志，序列标识符和插入代码组成。对于您的残基1000，它将是（''，100，''），对于您的杂残基，它将是('H_CYS', 2003, ' ')。

如果仅提供整数作为索引，则它将转换为(' ', your_int, ' ')。

代码可以在函数_translate_id

中找到

常规解决方案

如果您事先不知道异形标志，则可以使用自己的函数

def get_residue_by_number(residues, number):
    for residue in residues:
        if residue.id[1] == number:
            return residue

get_residue_by_number(structure[0]['A'].get_residues(), 2003)

<Residue CYS het=H_CYS resseq=2003 icode= >

get_residue_by_number(structure[0]['A'].get_residues(), 100)

<Residue ASP het=  resseq=100 icode= >

Biopython无法直接访问异残基

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