如何使用Biopython获取残留物中的原子

Question

我正在使用Biopython。我想找出残留物中的原子。

from Bio import PDB

pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]

p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)

y = s.get_residues()
for x in y:
    print x, x.resname

我得到了残留物名称，但我需要将残留物中的原子。我怎么能这样做？

Answer 1

迭代Residue object将产生原子：

for res in s.get_residues():
    for atom in res:
        print atom

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如果您想从某些Entity或Entity个for atom in PDB.Selection.unfold_entities([res_1, res_2], target_level='A'): print atom 对象中获取原子，您可能需要尝试unfold_entities：

get_atoms()

此外，Structure个对象有一个方法{{1}}，它将产生结构中的所有原子。