Question

我有一个pdb文件，我想使用python解析pdb，我想在pdb中找到以下残留物：

1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area

我尝试过使用pybel

file_name = "4hhb.pdb"
allmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_name)]
for mol in allmols:
    dir(mols)

但是，我只能看到一些属性。

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

如何从pdb中找到这3个属性？我可以使用python中的任何模块来获取这些属性。

Answer 1

Hidrophobicity（对于每个AA）可以在：

中找到

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
      'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
      'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
      'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

我想你必须添加所有氨基酸值并获得整体的疏水性。

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

您可以使用GROMAC（http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html）来获取其他两个参数。查看C源代码（https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp），这些参数远非明显的计算。

我会用gmx_sasa包裹subprocess.Popen()并获得结果。

Answer 2

正如本1回答所述，BioPython 2支持解析.pdb个文件

从pdb文件中获取残留的属性

2 个答案: