如何使用for循环获得两个原子之间的距离？

Question

我有一个PDB结构。该结构具有13个残基。我必须使用for循环找到两个原子之间的距离（只有C，O，N，S）。首先，我必须找到第一和第二残留物之间的距离。在第一和第三个残留物之后，第一个和第三个残留物，依此类推。如何使用for循环编写python脚本？

Answer 1

使用xyz坐标可以计算每个原子之间的距离。首先，您必须解析PDB文件并存储坐标。然后迭代原子列表（对于list_of_atoms中的原子）并计算它们之间的欧氏距离..

http://en.wikipedia.org/wiki/Euclidean_distance#Three_dimensions

Biopython的Bio.PDB模块也可以轻松进行此类计算。