为什么pip install biopython失败(但其他包成功)?

时间:2015-01-05 22:06:22

标签: python pip biopython

我正在尝试在一组开发人员共享的目录中安装python包。我们没有sudo权限。这适用于某些包(例如seqmagick),但不适用于其他包(例如biopython)。谁能告诉我那些失败的人有什么不同。有没有解决办法?

$ pip --version
pip 1.5.4 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

我在当前目录中创建了一个这样的setup.cfg文件,

[install]
install-base=/tmp/group/python
install-purelib=$base/lib
install-platlib=$base/lib.$PLAT
install-scripts=/tmp/different/bin
install-headers=$base/include
install-data=$base/data

以下作品,一切都在正确的地方结束:

  

$ pip install --no-deps seqmagick

但事实并非如此,

  

$ pip install --no-deps biopython

失败是,

running install_lib
creating /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL
error: could not create '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL': Permission denied

当setup.cfg方案指向其他地方时,为什么pip(或setup.py?)会在/ usr / local中安装东西?

提前感谢任何见解。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

很可能是因为你有一个非常老的版本的pip,先试试这个:

function join(arr, sep){
  if (!arr.length)
    return '';

  return arr.reduce((a,b) => a + sep + b);
}

console.log(join([1,2],'^'));

交叉引用https://github.com/biopython/biopython/pull/1307#issuecomment-340407171