Question

我尝试使用RCytoscape软件包将网络从R导出到cytoscape。我试图按照文档但失败了。以下是我使用的命令：

data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <- liver.toxicity$clinic
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10))
result<-network(toxicity.spls, comp = 1:3, threshold = 0.8, 
 X.names = NULL, Y.names = NULL, keep.var = TRUE,
 color.node = c("mistyrose", "lightcyan"),
  shape.node = c("rectangle", "circle"),
  color.edge = c("red", "blue"),
   lty.edge = c("solid", "solid"), lwd.edge = c(1, 1), 
   show.edge.labels = FALSE, interactive = FALSE)
  library(RCytoscape)
  cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=makeSimpleGraph())
  displayGraph (cw)

不是导入42个顶点和78个边，而是导入文档中显示的那三个边和节点。我没有意识到我犯了错误。

Answer 1

如果'结果'是你的图表，那么这应该有效：

cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=result);
displayGraph (cw)

在您当前的代码形式中 - 这是一个容易犯的错误！ - 你要求RCytoscpe显示一个演示图，一个由RCy演示方法制作，'makeSimpleGraph（）'

让我也问一下，或许可以省去一些麻烦：你的网络功能是否会返回一个graphNEL？

如果您对如何创建graphNEL有任何不确定性，只需在R提示符下键入makeSimpleGraph就会显示制作带有节点，边和属性的graphNEL的所有代码。

有意义吗？如果您遇到任何困难，请告诉我们。

R和cytoscape导入网络

1 个答案: