将Igraph布局导出到Cytoscape

Question

我使用数据框R和邻接矩阵Diff在adjacency创建了一个igraph图，并希望以可读的格式保存通过layout.mds获得的绘图在Cytoscape。我怎么可能这样做？

数据框如下：

差异：

 0.0  0.1  0.2  0.3  0.4
 0.1  0.0  0.5  0.6  0.7
 0.2  0.5  0.0  0.8  0.9
 0.3  0.6  0.8  0.0  1.0
 0.4  0.7  0.9  1.0  0.0

邻接：

0  1  1  0  0  0
0  0  0  1  1  0
0  1  0  0  1  0
0  0  0  0  0  1
1  0  0  1  0  0

以下是用于获取情节的代码：

data <- Diff

library(igraph)
graph <- graph.full(nrow(data))

layout <- layout.mds(graph, dist=as.matrix(data), dim=3)
edge <- graph.adjacency(as.matrix(adjacency),mode="directed")

plot(edge, layout=layout)

Answer 1

您可以使用包含函数plotCytoscapeGML的包NetPathMiner将网络图导出为GML格式，可以在Cytoscape中导入。

注意：使用RESTful解决方案example here也应该可行。

注意：评论中建议的 RCytoscape与Cytoscape 3不兼容。