我是Cytoscape的新手，感觉就像一个易于解决的问题。我正在使用Cytoscape的拖放功能来构建网络（我基本上将昆虫踪迹网络的照片翻译成Cytoscape表示 - 这使得构建网络变得更加容易）。问题是我需要将边缘表从Cytoscape导出到R中进行进一步分析。 Cytoscape导出一个.csv文件，其中包含如下所示的列：
＆＃34;节点5（无向）节点2＆＃34; ＆lt; - 全部在一列中
我需要的是包含邻接矩阵或边缘列表的.csv文件（其中边缘表示为节点对，每个节点在其自己的列中）。是否有捷径可寻？提前谢谢！
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有几种解决方案：
http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter允许您将网络导出为adjecency matrix
您可以使用CyREST界面从R直接连接到Cytoscape：http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest
您可以使用标签
替换所有（无向）字词希望这有帮助， 皮特