将数据从postgres导入到cytoscape

时间:2018-05-20 19:50:50

标签: postgresql cytoscape

我一直在尝试将postgis数据库中的一些gis数据加载到Cytoscape 3.6中。我试图获得一些indegree和outdegree值我使用sif文件格式。

只要数据以下列格式写出

  

source_point \与\ ttarget_point

进行交互

Cytoscape很高兴看到它。

我只是想知道是否还有我自己的指标来确定source_point和target_point之间的费用

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

当然!有几种方法可以将文本文件读入Cytoscape - SIF只是其中之一。我会创建一个看起来像SIF的文件,但实际上是一个更完整的文本文件:

Source\tTarget\tScore
source_point\ttarget_point\t1.1
...

然后使用"文件 - >导入网络 - >文件",选择您的来源和目标,并将得分作为边缘属性。您可以根据需要在每一行上拥有尽可能多的属性,甚至可以混合边缘属性,源节点属性和目标节点属性。

- 踏板车