pdb蛋白质库格式 - 配体去除

Question

我想从PDB记录中删除各种配体。 是否足以去除HET，HETNAM，HETATM ......，即。那些，在哪里是用3代码识别的化合物，还是有必要清理其他一些领域？

是否已经为此目的编写了python | perl脚本？

Answer 1

open(FILE,"file.pdb");
@file=<FILE>;
foreach (@file){
if (/^HETATM/){
print $_,"\n";
}}

这将配体分离出来。删除配体，保持不等于正则表达式的前面。