Question

有些pdb无法使用biopython从PDB下载，尽管它们存在于PDB中。它会生成错误。此代码用于下载pdb（2j8e）它无法下载，但它适用于其他pdbs。

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.PDB import PDBList
>>> pdbdownload = PDBList()
>>> pdbid = '2j8e'
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid)
Downloading PDB structure '2j8e'...

Traceback (most recent call last):
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory

这是一个错误。有人遇到过这个问题吗？

Answer 1

对不起，但该文件不存在！自己看：

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/j8/

该目录中没有pdb2j8e.ent.gz。如果您尝试下载2j8f或任何其他ID，您可以毫无问题地获得它。

该文件已过时，可以从ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/j8/检索。使用Biopython，您可以：

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)

使用biopython从蛋白质数据库下载pdb时出错

1 个答案: