构建蛋白质数据库（PDB）文件

Question

我必须模拟一种复杂的赖氨酸聚合物。它类似于一种蛋白质，除了赖氨酸不总是与它们的α胺结合。我的目标是生成PDB (Protein Data Bank)以进行进一步的计算。

你知道任何允许我构建分子的模块吗？我有特殊需求，比如：

• 我有氨基酸链
• 我需要在链中添加一个
• 但是我必须能够指定这个n + 1氨基酸与前一个氨基酸结合的位置和方式
• 最后，我必须能够生成PDB文件

我的第一种方法是使用SMILES格式，我可以完美地完成所有工作，除非我最后无法构建pdb，因为没有软件能够处理我的原子数（> 15000）。 / p>

Answer 1

副手，我知道两个相对较好的模块：

pdb-tools

  

pdbTools是一组命令行python脚本，用于处理wwPDB蛋白和核酸结构文件。有许多程序，包括开源和专有程序，执行类似的任务;但是，大多数这些工具都埋没在更大功能的程序中。因此，相对简单的计算通常涉及学习新程序，编译模块和安装库。为了填补利基（并完成我需要完成的任务），我开始编写自己的工具集。这已发展成为pdbTools套件。该套课程的特点是以下理念：

     

  
• 每个程序都应作为独立应用程序运行，并带有标准的GNU / POSIX样式命令行界面。
  
• 每个程序都应该以这样的方式编写，以便将其用作更复杂程序的函数库。
  
• 程序应该至少需要外部依赖。
  

biopython

  

Biopython项目是一个由免费提供的用于计算分子生物学的Python工具的开发者的国际协会。

Answer 2

您可以覆盖氨基酸和蛋白质中的选定原子以在pymol中建立人工键- https://pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

• 然后导出为.pdb

在配对之前，您可以对分子的位置进行操作。

Answer 3

好的，我终于找到了解决问题的方法，即使它与我的第一个问题无关。我按照第一种方法生成聚合物：生成长SMILE链的python脚本。然后，我终于找到了一个能够转换这样一个长链的软件：Discovery studio visualizer。

我认为它有效，因为该软件不是基于openbabel。它不是Python解决方案，但它可以完成工作。

非常感谢。