使用Python从Protein Data Bank下载特定的.pdb文件

Question

我一直在尝试从Protein Data Bank下载.pdb文件。我编写了以下代码块来提取这些文件但是我正在下载的文件包含网页。

:wq

Answer 1

看来你的基本网址错了。请尝试改为：

urllib.request.urlretrieve('http://files.rcsb.org/download/101M.pdb', '101m.pdb')

Answer 2

BioPython 提供了一种检索方法 PDBList.retrieve_pdb_file。但是，这依赖于 PDB FTP 服务。如果由于某种原因（防火墙等）没有打开 FTP 端口，那么您可以使用此功能：

out of memory

Answer 3

自此更新了网址（虽然现在旧网址重定向到新网址）：

urllib.request.urlretrieve('https://files.rcsb.org/download/101M.pdb', '101m.pdb')

有关RCSB PDB提供的不同下载的网址的完整列表，请参阅https://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=download/http/index.html。