我有一个具有以下格式的CSV文件：
ATOM,3662,H,VAL,A,257,6.111,31.650,13.338,1.00,0.00,H
ATOM,3663,HA,VAL,A,257,3.180,31.995,13.768,1.00,0.00,H
ATOM,3664,HB,VAL,A,257,4.726,32.321,11.170,1.00,0.00,H
ATOM,3665,HG11,VAL,A,257,2.387,31.587,10.892,1.00,0.00,H
我想根据PDB标准（固定位置）对其进行格式化：
ATOM 3662 H VAL A 257 6.111 31.650 13.338 1.00 0.00 H
ATOM 3663 HA VAL A 257 3.180 31.995 13.768 1.00 0.00 H
ATOM 3664 HB VAL A 257 4.726 32.321 11.170 1.00 0.00 H
ATOM 3665 HG11 VAL A 257 2.387 31.587 10.892 1.00 0.00 H
可以认为，除了第一和第三列之外，其他所有内容都是右对齐的。首先不是问题。但是，第三个长度为1-3时，它是左对齐的，但是当长度为4时，它是向左移动一个位置。
我有一个几乎可以解决问题的AWK单线：
awk -F, 'BEGIN {OFS=FS} {if(length($3) == 4 ) {pad=" "} else {pad=" "}} {printf "%-6s%5s%s%-4s%4s%2s%4s%11s%8s%8s%6s%6s%12s\n", $1, $2, $pad, $3, $4, $5, $6, $7, $8, $9, $10, $11, $12}' < 1iy8_min.csv
除了两件事：
第三列除外。我当时正在考虑添加一个条件，该条件会根据字段长度更改第三列之前的填充，但是我无法使其起作用（上面的单行代码已说明了这一点）。
另一个问题是，如果字段之间没有空格，则填充根本不起作用。
ATOM 3799 HH TYR A 267 -5.713 16.149 26.838 1.00 0.00 H
HETATM 3801 O7N NADA12688.285 19.839 10.489 1.00 20.51 O
在上面的示例中，第二行应为：
HETATM 3801 O7N NAD A1268 8.285 19.839 10.489 1.00 20.51 O
但是因为字段5和6之间没有空格，所以所有内容都被重新排列。它认为A1268被认为是一个领域。可能是因为默认的awk分隔符似乎是空白。是否可以使其与位置相关？
更新：以下内容解决了该问题，但第三列除外：
awk 'BEGIN {FS = ",";OFS = ""} { if(length($3) == 4 ) {pad = sprintf("%s", " ")} else {pad = sprintf("%2s", " ")} } { if(length($3) == 4 ) {pad2 = sprintf("%s", " ")} else {pad2 = sprintf("%s", "")} } {printf "%-6s%5s%s%-4s%s%3s%2s%4s%11s%8s%8s%6s%6s%12s\n", $1, $2, pad, $3, pad2, $4, $5, $6, $7, $8, $9, $10, $11, $12}' 1iy8_min.csv
但是，OFS似乎被忽略了...
UPDATE2：问题出在输入文件中。对于那个很抱歉。解决了。
工作脚本：
awk 'BEGIN{OFS=FS=","}{$7=sprintf("%.3f",$7)}1{$8=sprintf("%.3f",$8)}1{$9=sprintf("%.3f",$9)}1' ${file} | awk 'BEGIN {FS =","; OFS=""} { if(length($3) == 4 ) {pad = sprintf("%s", " ")} else {pad = sprintf("%2s", " ")} } { if(length($3) == 4 ) {pad2 = sprintf("%s", " ")} else {pad2 = sprintf("%s", "")} } {printf "%-6s%5s%s%-4s%s%3s%2s%4s%12s%8s%8s%6s%6s%12s\n", $1, $2, pad, $3, pad2, $4, $5, $6, $7, $8, $9, $10, $11, $12}' > ${root}_csv.pdb