Question

我有一个包含稀疏几何体的非立方边界框的3d数组。

如果（x，y，z）是计算域的一部分，则数组几何[x] [y] [z]包含值0，否则为1.

为了重新排序计算，我想使用Hilbert曲线遍历这个空间。

上下文是在内存绑定的GPU程序中优化全局内存访问。

我该如何实现？

更新：我只想遍历非空单元格，因为我只会将它们（在一个数组中）与一个邻接列表一起存储，该邻接列表跟踪一个元素的19个相邻节点。

计算只是在两个数组之间复制：

dst[i] = src[adjacency_map[i]]

这是稀疏格子Boltzmann方法的传播阶段，物理解释是从邻近站点流出“流体粒子”。

adjacency_map中的值越顺序;我们希望获得更多合并的内存访问。

OpenCL内核：

__kernel void propagation(__global double *dst, __global double *source,
                          __global const int *adjacency_map, const uint max_size)
{
    size_t l = get_global_id(0);

    if( l > max_size ) 
        return;

    dst[l] = src[adjacency_map[l]];
}

Answer 1

希尔伯特曲线是一个很高的顺序。似乎很难找到一种能够随机访问曲线上各点指数的公式。

然而，Morton ordering是合理的，并且具有一些相同的优良特性，因为它也是一个空间填充曲线。还有一个随机访问程序，用于查找N维点的Morton数。

您可能会考虑两个步骤：

对您的数据应用流压缩步骤，以选择您要处理的卷元素
使用Morton indices as the sorting key。

您可以将thrust用于流压缩和键值排序。

这应该产生一个促进连续性的排序中的体积元素列表。也就是说，重新组织数据的开销可能会占据原始不规则访问模式的成本。

Answer 2

这听起来很不可能。

你已经排除了kdtree或octree吗？

数字配方中kdtree（第21.2章）和八叉树（第21.8章）的描述是可以理解的： http://apps.nrbook.com/rollover/index.html

3d稀疏几何的希尔伯特曲线

2 个答案: