Question

对于我的生活，我无法理解为什么这种方法失败了，我真的很感激这里有一双眼睛：

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(x))/2))

我得到的错误是：行树形图排序给出了错误长度的索引

如果我不包括distfun，一切都运行良好，并响应hclust功能。任何建议都会有很大的意义。

Answer 1

这是不可复制的......

 TEST <- matrix(runif(100),nrow=10)
  heatmap.2(TEST, trace="none", density="none", 
            scale="row",
            labRow="",
            hclust=function(x) hclust(x,method="complete"),
            distfun=function(x) as.dist((1-cor(x))/2))

适合我。我不知道redgreen或data.test.factors是什么。

您是否尝试debug(heatmap.2)或options(error=recover)（或traceback()，虽然它本身不太可能有用，但试图找出错误的确切位置？

> sessionInfo()
R version 2.13.0 alpha (2011-03-18 r54865)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
...
other attached packages:
[1] gplots_2.8.0   caTools_1.12   bitops_1.0-4.1 gdata_2.8.2    gtools_2.6.2

Answer 2

对dist的标准调用计算所提供的矩阵行之间的距离，cor计算所提供矩阵的列之间的相关性，所以上面的例子工作，你需要转置矩阵：

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(  t(x)  ))/2))

应该有效。如果你使用方形矩阵，你将获得有效的代码，但它不会计算你认为它是什么。

Answer 3

根据Ben Bolker的回复，如果TEST是n×n矩阵且data.test.factors是n个整数的向量，则代码似乎有效。例如，以

开头

 n1 <- 5
 n2 <- 5
 n3 <- 5
 TEST <- matrix(runif(n1*n2), nrow=n1)
 data.test.factors <- sample(n3)

那么你的代码就可以了。但是，如果n1和n2不同，那么您将收到错误row dendrogram ordering gave index of wrong length，如果它们相同，但n3不同或data.test.factors为非然后你会得到错误'ColSideColors' must be a character vector of length ncol(x)。

R树形图失效时的热图功能

3 个答案: