在保持树形图的同时重新排序heatmap.3中的列节点

Question

我使用heatmap.3生成了此热图。聚类是基于树形图执行的，但是出于演示目的，我想重新排序节点，使得在保持树形图的同时留下深蓝色并且暗红色是正确的。我读过有关重新订购的信息： newdendro＆LT; -reorder（as.dendrogram（myclust（mydist（heatdata.scaled））），10：1，agglo.FUN = colSums）

但是colSums（heatdata.scaled）没有存储在树形图中。我如何能 1）使用colSums（heatdata.scaled）重新排序节点 2）在heatmap.3中调用这个更新的树形图？

Answer 1

您的问题缺少一个自包含的可重复示例。所以我将使用mtcars数据。由于我现在正在使用heatmaply软件包，我将使用它给出答案（但您可以将热映射更改为所需的函数，代码也可以正常工作）。< / p>

# get data
x <- mtcars
# row dend:
hc_r <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
# col dend:
hc_c <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))

# weights and reordering
wts_r <- rowSums(x)
wts_c <- colSums(x) # apply(x, 2, mean)

hc_r <- rev(reorder(hc_r,wts_r))
hc_c <- reorder(hc_c,wts_c)

x2 <- x[order.dendrogram(hc_r), 
        order.dendrogram(hc_c)]

# plot
library(heatmaply)
heatmaply(x2, dendrogram = "none")

我们得到以下美丽（和互动）的情节：