重新排列HeatMap.2的行

Question

我具有要在R中使用HeatMap.2在HeatMap中可视化的RNA-Seq数据，但我不知道要强制HeatMap使其看起来像我想要的样子。

我在网上进行了大量搜索，觉得自己很亲密，但无法克服最后的障碍。我正在使用以下代码，其中我有一个包含6个样本（2个条件的一式三份）和要查看的209个特定基因的矩阵。我感兴趣的209个基因可以分为3类，我正在尝试使用RowSideColors=参数来证明这一点。

这是我的代码：

colors <- colorpanel(75,"yellow","black","dodgerblue2")
heatmap.2(as.matrix(counts),
      col=colors, 
      RowSideColors=SideCol,
      scale="row", 
      key=T, 
      keysize=1,
      density.info="none", 
      trace="none",
      cexCol=0.9,
      cexRow=0.5)

通过在线搜索，我知道我可以使用Rowv命令对树状图进行重新排序，并以所需的方式对行进行排序，但是我不知道如何使用该命令。当我设置Rowv=F时，它不会生成树状图，并且我的基因的排列顺序与它们在矩阵中的排列顺序相同。我希望将它们按RowSideColor类别进行分组，然后进行排列，以使它们遵循键（即所有蓝色行放在一起并逐渐变黑，然后变黄）。

我认为我可以自己确定行z分数并按类别和行z分数排列矩阵，从而绕过这一障碍，但是我的z分数计算与Heatmap.2确定的结果和行有很大不同。色标没有图案。我通过（x-mean）/ sd

确定了z得分

如何按我希望的方式排列行？

在此先感谢您的帮助，非常感谢！

编辑：

这是我希望HeatMap看起来像的粗略表示：