Question

我正在尝试使用二进制矩阵中的heatmap.2函数创建热图，并从热图中提取树形图，并将树状图保存为newick文件格式。矩阵在行上有基因组，在列上有基因。

要做到这一点，我正在运行以下代码。

library(ggdendro)
library(ape)
library(gplots)
library(vegan)

profile <-as.data.frame(read.delim("profile_file.txt",row.names=1,sep="\t", as.is=T))

dist_func<-function(x) vegdist(x,"jaccard",binary=TRUE)

hclust_func<-function(x) hclust(x,method="ward.D2")

heat<-heatmap.2(as.matrix(profile),Rowv=TRUE,Colv=TRUE,distfun=dist_func,hclustfun=hclust_func,trace="none")

row.dendro<-heat$rowDendrogram

row.hcclust<-as.hclust(row.dendro)

row.phylo<-as.phylo(row.hcclust)

write.tree(phy=row.phylo, file="tree_file.nwk")

当我尝试运行它将完整配置文件时，此代码运行良好。但是当我减少基因列的数量时，我在尝试将树状图转换为hclust对象的步骤中出现错误。

row.hcclust<-as.hclust(row.dendro)

错误：all（vapply（s，is.integer，NA））不为TRUE

我尝试在我的数据集中查找任何“NA”值，但没有，否则它也不应该用于完整数据集。

任何人都可以帮我解决这个错误吗？或建议可能出现此错误的原因是什么？

Answer 1

heatmap.2使用hclust构建树形图。如果您只想要树形图，则没有理由使用它。如果原因是您想要树形图的排序，只需使用dendextend package中的排序来获得您想要的订单。否则，只需留在hclust。方法如下：

library(ape); library(vegan); 
library(magrittr) # for the pipes: %>%

profile <- as.data.frame(read.delim("profile_file.txt",row.names=1,sep="\t", as.is=T))
row_hclust <- profile %>% as.matrix %>% t %>% vegdist("jaccard",binary=TRUE) %>% hclust(method="ward.D2")
row.phylo <- as.phylo(row_hclust)
write.tree(phy=row.phylo, file="tree_file.nwk")

从热图中提取树状图时出错

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