使用matplotlib将树状图与热图对齐

时间:2015-08-05 20:03:08

标签: python r matplotlib heatmap dendrogram

我想生成一个结合了树形图和热图的图形。 R中的软件包做得很好,但我找不到在python中这样做的方法。以下是a blogenter image description here

中的示例

现在我有一个如下所示的python脚本:

%matplotlib inline
from sklearn.metrics.pairwise import pairwise_distances
from scipy.spatial.distance import squareform
from scipy.cluster.hierarchy import linkage
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

X = np.random.rand(4, 8)

Z = linkage(squareform(np.around(pairwise_distances(X), 4)))

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(211)
ax2 = fig.add_subplot(212)
dendrogram(Z, ax=ax1)
ax2.pcolor(X, cmap=plt.cm.Reds)

由此产生的数字如下所示: enter image description here

我想将热图的y轴与树形图的x轴对齐。有什么建议吗?

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