R-在绘制树状图时如何关闭heatmap.2中的重新排序功能

时间:2018-09-25 15:18:20

标签: r heatmap dendrogram

我试图使用heatmap.2绘制带有热图的双树状图。我有两个预制的树状图,我将它们分别放入Rowv = dend_row和Colv = dend_col。问题是树状图也已重新排序。我从包装中获悉,在heatmap.2中,如果将树状图以Rowv / Colv的形式提供,则按原样使用树状图,即不进行任何重新排序。因此,我确保馈入Rowv / Colv的对象已经是树状图(通过使用as.dendrogram),树状图仍会重新排序。

env.hc2 <- env %>% dist(method = 'euclidean') %>% 
hclust(method = 'ward.D') %>% as.dendrogram %>% ladderize %>% 
 color_branches(k=4)

female.hc2 <- female %>% as.dist(female) %>% hclust(method = 'com') %>%
 as.dendrogram %>% ladderize %>% 
 color_branches(k=4)

heatmap.2(female_env_matrix,  
      main = paste("test"),  
      trace="none",          
      margins =c(5, 6),      
      col= my_palette,        
      breaks=col_breaks,     
      dendrogram ='both',      
      Rowv = female.hc2,  
      Colv = env.hc2,
      key.xlab = "GY",
      cexRow = 0.6,
      cexCol = 0.8,
      na.rm = TRUE
) 

期望输出:

enter image description here

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1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

弄清楚我需要重新采样数据框以创建树状图。