R heatmap.2（gplots）访问树状图数据

Question

在R中，我使用heatmap.2（来自gplots包）来聚类并可视化一些数据。

我想访问列树形图（簇）以进一步操作我的数据。

例如：

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438

有没有办法知道属于第一个分支的列的索引 和那些属于第二个（以自动方式;当然在这个简单 case我可能只看x轴上的标签。）

此外，我如何访问其他子分支？

Answer 1

可以使用as.hclust（）函数将结果对象视为R hclust对象。

对于问题中提供的具体情况，这是如何访问列树形图：

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)

groups是包含每列的组的向量;

id_g1 = which(groups == 1)

包含属于第一个分支的项目的索引。