自定义范围热图

Question

我正在使用＆＃34; gplots＆＃34;中的heatmap.2函数。包，并想调整vizual输出。

我想得到一个对称的配色方案，我已经使用scale =＆＃34; row＆＃34;选项。但是，在执行此操作时，我的范围会缩小到小间隔c（-1,1）。我的数据范围是c（-1.2,2.97），我希望颜色方案能够捕获我数据的完整分辨率。我可以指定颜色范围，例如c（-3,3）还是有另一种方法可以获得更高的数据分辨率

这是我的代码

>head(hmdat[select,])
          Ind_B    Ind_Z     Ind_P
SVS1 -0.2176648 1.540470 -0.03700749
RHR2  0.3814377 1.425968  0.45827347
ADR1  0.7410964 1.062387  1.37050918
SPI1  0.2722683 1.324529  0.72636276
YAR1  0.7309389 1.278198  0.98776034
DDR2 -0.1727803 2.470086  0.74259052

>hmcol = colorRampPalette(brewer.pal(9, "RdBu"))(100)
>heatmap.2(hmdat[select,],scale="row", col = hmcol, trace="none", margin=c(7, 5),cexCol=0.9,cexRow=0.5,density.info="density")

生成此情节

我想解决的另一件事是删除颜色键的标题，并能够手动指定颜色键的轴标签。感谢

Answer 1

使用scale = "row"会逐行扩展您的数据，并且不会保留原始的原始值，因此如果您想保留这些值，则应使用scale = "none"。

您可以使用breaks参数手动设置中断。在这种情况下，我认为您可以通过创建从-3到3的序列来实现您正在寻找的内容，并将length.out设置为比您定义的颜色数量多一个（那里）需要比颜色多1个休息时间：

heatmap.2(hmdat[select,],scale="none", col = hmcol, trace="none", margin=c(7, 5),cexCol=0.9,cexRow=0.5,density.info="density",breaks = seq(-3, 3, length.out = 101))

您可能会收到有关某些值没有数据的警告，您可能需要添加symbreaks = TRUE以获得您正在寻找的对称效果。

我不认为有一个简单的选项来更改颜色键的标签，但您可以在此问题中尝试解决方案：How to change the color key value in heatmap.2?