热图 - 调整颜色范围

Question

library(gplots)
shades= c(seq(-1,0.8,length=64),seq(0.8,1.2,length=64),seq(1.2,3,length=64))
 heatmap.2(cor_mat, dendrogram='none', Rowv=FALSE, Colv=FALSE, col=redblue(64),  
breaks=shades, key=TRUE, cexCol=0.7, cexRow=1, keysize=1)

休息时有一些问题。希望得到帮助。

运行代码后，我收到此错误消息

Error in image.default(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5 + c(0, nc), ylim = 0.5 + : must have one more break than colour

感谢您的时间和考虑。

Answer 1

好吧，我们没有cor_mat，所以我们不能自己尝试，但问题似乎是它在锡上说的，不是吗？热图（以及通常基于图像的所有函数）与中断和颜色矢量一起工作的方式是，中断定义了数据矩阵值的变化意味着颜色变化的点。简而言之，如果break = c(1,2,3)和您的col = c("red", "blue")：

1. 值＆lt; 1将是透明的
2. 值＆gt; = 1，＆lt; = 2将被绘制为红色
3. 值＆gt;在图2中，＆lt; = 3将被绘制为蓝色
4. 值＆gt; 3将是透明的

您的代码中发生的事情是，使用'shade'，您向break提供了长度为3 * 64的向量，而redblue(64)仅提供了64种颜色。尝试将redblue(64)替换为redblue(3*64-1)。