根据hcharter中的给定序列设置热图颜色范围

时间:2019-01-11 08:59:14

标签: r heatmap r-highcharter

在这里,我尝试使用highcharter::hcharter()创建一个热图,其中小于-1 应该是一种颜色(粉红色), -1至1 应该是一种颜色(粉红色)可以是透明或白色,并且大于+1 应该是另一种颜色(紫色)。

目前,我已经使用hchart()编写了代码,并使用color_stops来更改颜色格式。但这在数据居中为0时确实很好,但是当数据未居中为0时,可以说从 -5到+7.5 ,白色/透明色将变为1,如图所示下面。

a1 <- rnorm(30,0,2)  
a2 <- rnorm(30,0,2)  
a3 <- rnorm(30,0,2)  
a4 <- rnorm(30,0,2)  
a <- cbind(a1,a2,a3,a4)
heatmap_matrix <- as.matrix(a)

library(highcharter) 
hchart(heatmap_matrix) %>%  
  hc_colorAxis(stops = color_stops(n = 3, colors = c("#FF1493", "white", "#800080")))

对于-5 to +7.5之间的数据范围
-5至-1应该显示粉红色渐变颜色
-1至+1应该显示白色
+1到7.5应该显示紫色渐变颜色

Heat Map sample plot using hcharter

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

stops中的参数hc_colorAxis()需要一个列表,该列表将最小值定义为 0 ,将最大值定义为 1 。您可以在0〜1之间设置一个数字来表示某个值的位置并设置其颜色。

查找零的位置

foo+bar

p <- (0 - min(heatmap_matrix)) / (max(heatmap_matrix) - min(heatmap_matrix))

设置自定义列表

stops <- data.frame(q = c(0, p, 1),
                    c = c("#FF1493", "#FFFFFF", "#800080"),
                    stringsAsFactors = FALSE)
#          q       c
# 1 0.000000 #FF1493
# 2 0.434873 #FFFFFF
# 3 1.000000 #800080

stops <- list_parse2(stops)

控制参数

hchart(heatmap_matrix) %>%  
  hc_colorAxis(stops = stops, startOnTick = F, endOnTick = F)

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