我正在尝试使用heatmap
和ggplot2
绘制Pearson成对相关scale_colour_gradient
。
这是我的示例数据:
library(dplyr)
library(ggplot2)
set.seed(1)
pairs.mat <- t(combn(1:5,2))
df <- data.frame(sample1=pairs.mat[,1],sample2=pairs.mat[,2]) %>% dplyr::mutate(association=runif(10,0.85,1))
这是我正在尝试的ggplot2
代码:
heatmap.ggplot <- ggplot(df,aes(sample1,sample2,fill=association))+geom_tile(color="white")+
scale_colour_gradient(low="gray",high="red",limit=c(min(df$association),1),space="Lab",guide="colourbar")+theme_minimal()+
theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1,size=12,hjust=1))+coord_fixed()+coord_flip()+labs(colors="Cor")
我的问题是:
low="gray"
和high="red"
,但是我得到的元素在蓝色范围内。我该如何解决?labs(colors="Cor")
更改图例标题。有什么想法吗?谢谢
答案 0 :(得分:3)
您需要scale_fill_gradient
。
ggplot(df, aes(sample1, sample2, fill = association)) +
geom_tile(color = "white") +
scale_fill_gradient(
name = "Cor", # changes legend title
low = "gray",
high = "red",
limit = c(min(df$association), 1),
space = "Lab",
guide = "colourbar"
) + theme_minimal() +
theme(
axis.title.x = element_blank(),
axis.title.y = element_blank(),
axis.text.x = element_text(
angle = 45,
vjust = 1,
size = 12,
hjust = 1
)
) +
coord_fixed() +
coord_flip()