分层聚类后,如何提取通过Heatmap()函数创建的热图派生的矩阵?

时间:2019-03-07 10:38:37

标签: r heatmap extraction dendrogram

我想在分层聚类到.csv文件后提取热图矩阵。

我的代码如下:

library("ComplexHeatmap")
library("dendextend")
library("circlize")

row_dend = hclust(dist(df)) # row clustering

hm <- Heatmap(df, name = "heatmapName", show_row_names = FALSE, 
              cluster_columns = FALSE, col = colorRamp2(c(-10, 10), 
              c("ivory2", "deepskyblue4")), row_names_gp = gpar(fontsize = 6.5), 
              cluster_rows = color_branches(row_dend, k = 6))

我尝试使用:

write.csv(hm@matrix, "fileName.csv")

但是它给我的矩阵恰好是我最初输入函数的顺序。

感谢您的帮助!

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