Question

我有一些不同的配置，我需要将它们全部组合起来以运行python脚本

versions = ['lg', 'sm']
start_time = ['0', '1']
end_time = ['2']

我想要的是蛇制作的为我做的东西：

python my_script.py -v lg -s 0 -e 2 > lg_0_2.out
python my_script.py -v lg -s 1 -e 2 > lg_1_2.out
python my_script.py -v sm -s 0 -e 2 > sm_0_2.out
python my_script.py -v sm -s 1 -e 2 > sm_1_2.out

但是我似乎无法弄清楚如何在snakemake中做到这一点。有什么想法吗？

Answer 1

Snakemake具有an expand() method，它是外部产品扩展的简写，这是您要描述的操作。通常，这可以通过在第一条规则（默认规则）中将输出文件字符串生成为input，然后提供一个规则（下面的myrule）来解析这些字符串以生成命令来完成。将用于生成输出。在代码中，它将类似于

Snakefile

versions = ['lg', 'sm']
start_time = ['0', '1']
end_time = ['2']

rule all:
    input:
        expand("{version}_{start}_{end}.out", 
               version=versions, start=start_time, end=end_time)

rule myrule:
    output: "{version,[^_]+}_{start,[0-9]+}_{end,[0-9]+}.out"
    shell:
    """
    python my_script.py -v {wildcards.version} -s {wildcards.start} -e {wildcards.end} > {output}
    """

在snakemake所在的目录中运行Snakefile会生成所需的文件。

snakemake扩展无输入文件

1 个答案: