Question

我刚刚开始学习Snakemake，所以这可能是一个幼稚的问题。我需要在管道的两个不同时刻启动一条规则，使用不同的输入并产生不同的输出。

让我举一个愚蠢的例子。假设我有3条规则：

rule A:
    input:
        "data/sample.1.txt"
    output:
        "data/sample.2.sorted.txt"
    shell:
        "somethingsomething sort {input}"



rule B:
    input:
        "data/sample.2.sorted.txt"
    output:
        "data/sample.3.man.txt"
    shell:
        "somethingsomething manipulate {input}"


rule C:
    input:
        "data/sample.3.man.txt"
    output:
        "data/sample.4.man.sorted.txt"
    shell:
        "somethingsomething sort {input}"

在此示例中，管道执行A> B> C，A和C完全相同，但是一个使用文件1并输出2，另一个使用3并输出4。仅有一个排序规则，所以管道A> B> A？（可能有一些使用通配符的方法，也许与if结合使用，但我不确定如何）

谢谢您的时间

Answer 1

也许有一些方法可以重用规则，但是我怀疑这会使代码变得更加复杂。

如果规则A和C的shell调用相同，并且您不想复制和粘贴代码，只需将代码放在变量中并重新使用该变量：

sorter= "somethingsomething sort {input}"

rule A:
    input:
        "data/sample.1.txt"
    output:
        "data/sample.2.sorted.txt"
    shell:
        sorter

rule B:
    input:
        "data/sample.2.sorted.txt"
    output:
        "data/sample.3.man.txt"
    shell:
        "somethingsomething manipulate {input}"

rule C:
    input:
        "data/sample.3.man.txt"
    output:
        "data/sample.4.man.sorted.txt"
    shell:
        sorter

有条件地对输入文件运行一条规则

1 个答案: