Question

您知道如何使用特定文件组合运行snakemake吗？即在此txt文件中，我具有序列ID的列表：

bob.txt 
steve.txt 
john.txt

我要从这些文件中提取上述文件中ID的序列：

bob.fa
steve.fa
john.fa

所以bob的序列ID应该在bob.fa中寻找序列，而john在john.fa中寻找等等。

workdir: "/path/to/dir/"
(SAMPLES,) =glob_wildcards('path/to/dir/{sample}.fa')

rule all:
    input: 
        expand("{sample}.unique.fa", sample=SAMPLES)

rule seqkit:
    input:
        infa ="path/to/dir/{sample}.fa"
        intxt = "path/to/dir/{sample}.txt
    output:
        outfa = "{sample}.unique.fa"
    shell:
        ("/Tools/seqkit grep -f {input.intxt} {input.infa} > {output.outfa}")
因此，我不需要所有组合，而只需要特定的组合，例如bob.txt和bob.fa，steve.txt和steve.fa。因为我当前的代码也会在steve.fa中做bob.txt

Answer 1

rule seqkit输入中缺少逗号。

rule seqkit:
    input:
        infa ="path/to/dir/{sample}.fa",
        intxt = "path/to/dir/{sample}.txt

具有特定文件组合的Snakemake作为输入

1 个答案: