提供配对文件列表作为Snakemake的输入

Question

我完成了一个简单的管道，在该管道中，我将几个文件合并（不是真的，但我们假装它们已合并）到一个文件名是两者的简单组合（file1_file2.output）并执行一些操作的管道中。操作。如果我手动提供文件1和文件2的文件名，则管道可以完美地工作，但是我真正要做的是这样的：

假装我有5个文件 A ， B ， C ， D 和 E < / strong>。我想为这些对运行管道： A-D ， B-D 和 C-E ，这就是Snakefile

rule all:
    input:
        expand("output/{file1}_{file2}.output")

rule Paste:
    input:
        F1="{file1}",
        F2="{file2}"
    output:
        out="output/{file1}_{file2}.output"
    shell:
        "paste {input.F1} {input.F2} > {output.out}"

这样做的最佳方法是什么？

Answer 1

您必须在rule all中定义目标文件的真实名称。然后使用通配符获取输入文件。看起来像这样：

rule all:
    input:
        expand("output/{combination}.output", combination=["A_D","B_D","C_E"])

rule Paste:
    input:
        F1="{file1}",
        F2="{file2}"
    output:
        out="output/{file1}_{file2}.output"
    shell:
        "paste {input.F1} {input.F2} > {output.out}"

请注意，如果输入文件（A，B，C，D，E）也包含“ _”，则使用不正确的分隔符（例如“ _”）可能会打乱通配符的确定。我将使用您确定不会在文件名中使用的名称（例如：“ __”，“ _-_”或任何适当的名称）