在R的CCA绘图中添加绘图符号

Question

我想生成规范对应分析（CCA）图，以使用以下代码显示环境参数对物种分布的影响：

spe <- read.csv("spe.csv", row.names=1, sep=";")
env <- read.csv("env.csv", row.names=1, sep=";")
ccamodel <- cca(spe~., env)
plot(ccamodel, xlim=c(-1.5,2), ylim=c(-1,1.5), display=c("sp","cn"))

Here is the output generated，其中环境变量和物种名称分别以蓝色和红色突出显示。 我的问题：如何在图中每个物种名称的前面或后面加上与实心圆或实心方形相同的符号？

预先感谢

Answer 1

我不能完全符合您的情节。 Biplot的缩放比例不同，但是可以满足您的要求。

out <- plot(ccamodel, type="n", xlim=c(-2.5, 2.75), ylim=c(-1, 1.5))
text(ccamodel, dis="bp", scaling="species", col="blue", cex=.8)
points(ccamodel, pch=16, scaling="species", display="sp", col="red")
text(ccamodel, dis="species", scaling="species", col="red", cex=.8, pos=4)

为清楚起见，文本将移至各点的右侧。 pos=参数设置位置。如果将其忽略，则文本将位于该点的顶部居中，将值1-4放置在该点的下方，左侧，上方和右侧。