R在ggplot中可视化cca图，

Question

我在ggplot中可视化cca图时遇到了问题。 我有一个4种（PF，IF，MM，IM）的数据集和4个站点8个月内采集的3个环境变量， 我想看看哪个物种和哪个月/站？哪个环境变量是重要的 我想在ggplot的一个漂亮的cca图中想象这个。我一直在寻找一些R代码，但它可视化似乎很新 这个..

这是我的数据：

我想有一个这样的图表：

Answer 1

ggvegan 包相对容易（ ^ ）。

首先，您需要安装 devtools ，然后使用它从github安装 ggvegan 包：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

接下来，做一个CCA，我在这里使用?cca

中的示例

library("vegan")
library("ggvegan")
data(varespec, varechem)
vare.cca <- cca(varespec, varechem)

然后，要生成CCA triplot的ggplot版本，请使用：

autoplot(vare.cca)

这给出了：

如果您只想以ggplot要求的形式返回数据，请使用fortify()方法：

fdat <- fortify(vare.cca)
head(fdat)

> head(fdat)
         Dim1        Dim2   Score    Label
1  0.07534683 -0.93580864 species Callvulg
2 -0.18133963  0.07610159 species Empenigr
3 -1.05354930 -0.06026078 species Rhodtome
4 -1.27742838  0.30758571 species Vaccmyrt
5 -0.15256316  0.12053851 species Vaccviti
6  0.24295573  0.26432438 species Pinusylv

autoplot()返回的对象是ggplot对象，因此您可以使用该系统添加到绘图中：

plt <- autoplot(vare.cca)
class(plt)
str(plt, max = 2)

> class(plt)
[1] "gg"     "ggplot"
> str(plt, max = 2)
List of 9
 $ data       : list()
  ..- attr(*, "class")= chr "waiver"
 $ layers     :List of 3
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0xa1847d8> 
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0x98ef158> 
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0xa0d1cf8> 
 $ scales     :Reference class 'Scales' [package "ggplot2"] with 1 fields
  ..and 21 methods, of which 9 are possibly relevant:
  ..  add, clone, find, get_scales, has_scale, initialize, input, n,
  ..  non_position_scales
 $ mapping    : list()
 $ theme      : list()
 $ coordinates:List of 2
  ..$ limits:List of 2
  ..$ ratio : num 1
  ..- attr(*, "class")= chr [1:3] "fixed" "cartesian" "coord"
 $ facet      :List of 1
  ..$ shrink: logi TRUE
  ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "null" "facet"
 $ plot_env   :<environment: R_GlobalEnv> 
 $ labels     :List of 7
  ..$ y     : chr "CCA2"
  ..$ x     : chr "CCA1"
  ..$ shape : chr "Score"
  ..$ colour: chr "Score"
  ..$ xend  : chr "Dim1"
  ..$ yend  : chr "Dim2"
  ..$ label : chr "Label"
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"

^：取决于您想要多少自定义...