我有一个包含10个社区的数据集和沿着60个站点的4个环境变量。 plot创建了关于纯素方法的CCA。我面临着为标记社区点构建凸包(和椭圆)的问题。搜索一些R代码没有给出这个版本的代码的结果。源文件可以在链接data.csv上下载。
library(vegan)
df <- read.csv2('data.csv')
df.env <- df[,2:6] # Vars of environments
df.sp <- df[,7:88] # Vars of species
mod <- cca(df.sp ~ ENV1 + ENV2 + ENV3, df.env)
scl <- 2
colvec <- c("darkorange", "blueviolet", "forestgreen", "green", "deeppink", "gray", "black", "skyblue", "cadetblue", "blue")
plot(mod, type="n", scaling=scl)
with(df.env, points(mod, display="sites", col=colvec[Community],
scaling=scl, pch=21, bg=colvec[Community]))