Question

我正在尝试创建一个宏，该宏将循环运行包含图像的文件。要打开图像，我正在使用Bio-Format导入器，并且代码正在运行，但是，它提示我每次都选择文件中的图像。有没有办法使其自动在文件中运行？这是我的下面的代码...任何帮助将不胜感激。

这些是我尝试过但仍无法使其正常工作的其他格式

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open(fileList) color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT")

run("Bio-Formats", "open=" + fileList[i] " color_mode=Default  open_all_series rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open=["+fileList[i]+"] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_"+d2s(j,0)); 


setBatchMode(true); 
inputDirectory = getDirectory("Choose a Directory of Image")

fileList = getFileList(inputDirectory);

for (i = 0; i < fileList.length; i++)
{
processImage(fileList[i]);
outputDirectory = "S:/Research/MLW/OUTPUT/";
outputFile = outputDirectory+fileList[i]+".csv";
saveAs("results",outputFile);
}

setBatchMode(false); 

function processImage(imageFile)
{
prevNumResults = nResults;  

run("Bio-Formats Macro Extensions"); 

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");  

   filename = getTitle();

run("Auto Threshold", "method=Yen white");
run("Skeletonize (2D/3D)");

Answer 1

这可能就像将所有内容移动到setBatchMode函数中一样简单

使用生物格式的imagej /斐济宏处理

1 个答案: