.nd2到.tif使用斐济生物格式无窗口

时间:2018-07-17 08:55:31

标签: imagej imagej-macro fiji

感谢您的光临。

我正在尝试处理从.nd2到.TIF的约50张图像,但是导出的图像不是我所期望的,并且我不确定什么地方出错了。我的.nd2有两个频道,我希望最终的.TIF是这两个频道的图片。但是,我的代码的.TIF输出仅是一个通道的图像。

setBatchMode(true); //Batch mode processing setting in ImageJ
for (i=0; i<list.length; i++) {
    showProgress(i+1, list.length);
    filename = list[i];
    setBatchMode(true); // prevents image windows from opening while the script is running
    run("Bio-Formats Windowless Importer", "open=[" + dir1 + filename +"] autoscale color_mode=Composite rois_import=[ROI manager] view=DataBrowser stack_order=XYCZT");

    selectWindow(filename);
    run("Stack to RGB", "slices"); // convert to RGB stack

...在这部分代码之后,我拆分了z堆栈,找到了中间堆栈,并将该切片保存为.TIFF。

如果不清楚,请通知我。再次感谢您阅读。

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