Question

我在fiji / imagej中创建了一个宏，我希望通过shell脚本中的终端激活它。现在看来，宏不需要任何输入，我只想让fiji在从终端激活时运行宏，并将其输出保存在输出文件夹中。宏的脚本如下所示：

input =  "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Raw/";
output =  "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Results/";

setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 1; i == list.length; i++){

var im = i;

name = "raw_" + im + ".jpg"; 
dir_name = input + name;

open(dir_name);


run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("8-bit");

run("Make Binary");

name = "results_" + im + ".csv"; 
dir_name = output + name;

run("Analyze Particles...", "size=100-20000 show=Nothing display clear");
saveAs("Measurements", dir_name); 
close();

}

如果可以的话，我会怎样？

干杯，

垫

Answer 1

在OS X上：

/Applications/Fiji.app/Contents/MacOS/ImageJ-macosx --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在Windows上：

%USERPROFILE%\Fiji.app\ImageJ-win64.exe --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在Linux上：

~/Fiji.app/ImageJ-linux64 --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

就个人而言，我喜欢将我的ImageJ安装启动器的完整路径别名为imagej或fiji，这样我就可以输入：

imagej --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

当然，你如何进行别名也取决于你的操作系统。

有关从控制台运行宏和脚本的详细信息，请参阅ImageJ wiki的Headless页面。

从终端运行斐济/ imagej宏

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